Quantitative methods for Omics Data (qOmics)
Milano
Master 2 Level
English
15 months
blended
Vision
The education project aims to study more in depth classic and advanced statistical and computational methodologies for the analysis of omics data. The purpose is to impart skills in basic knowledge and delve into advanced topics in the following areas: tout-court omics (genomics, proteomics and metabolomics), personalized medicine, integration and management of data from heterogeneous omics sources.
This type of knowledge is highly relevant to figures working in life sciences and who need to expand their quantitative tools and skills to deal with the new availability of omics data for both research and business purposes.
NB. The deadlines indicated in the Announcement have been changed as follows:
- Application Deadline: 3rd April 2024
- Selection Date: 10th Aprile 2024
- Publication of Ranking list by 17th April 2024
- Closing Date for Registration: 6th May 2024
Mission
The increasing availability and the capability to acquire omics data from heterogeneous sources makes it necessary to train specialized profiles who can handle this type of data. This demand from the Italian and global labor market has been growing steadily in recent years. This Master aims to train this type of figures combining theoretical notions and practical experiences within the interdisciplinarity of the most current tools of these disciplines.
Teaching Organization
456 hours of Lezioni
198 hours of Stage
Exams and Attendance
Courses
- Principi di statistica descrittiva
- Introduzione al linguaggio R ed al suo ambiente di lavoro; introduzione all'uso della linea di comando
- Principi di statistica descrittiva e inferenziale
- Principali test e modelli statistici
- Introduzione al linguaggio R
- Principali disegni sperimentali applicati al contesto biologico
- Programmazione in R per la pulizia dei database destinati all'analisi
- Introduzione agli aspetti legati alla privacy (iso27001), ai brevetti, e allo storage dei campioni e dei dati prodotti
- Cultura del dato
- Sistemi di gestione del dato, database relazionali, Pandas
- Principali rappresentazioni del dato e loro utilizzo
- Acquisizione dei principali strumenti bioinformatici per assemblare un genoma
- Dal campione al dato Omico - Genomica, Metabolomica, Proteomica
- Metodologie di integrazione di dati provenienti da fonti eterogenee
- Il campo di interesse dell'epidemiologia genetica
- La variabilità genetica e il ruolo nella determinazione del fenotipo
- I principali disegni di studio
- Il linkage parametrico e non parametrico
- Gli studi di associazione genetici e Genome Wide
- Ruolo delle variabili genetiche rare e metodi di studio
- NGS nell'ambito della diagnostica molecolare: Metodi bioinformatici per l'analisi dei dati (riallineamento, chiamata delle varianti e annotazione)
- Mutazioni somatiche, germline e riarrangiamenti
- Studio delle varianti geniche e classificazione clinica
- Ottimizzazione dei processi e gestione dei dati
- Exome sequencing in ambito diagnostico
- Cenni di Farmacocinetica e farmacodinamica
- Disegnare uno studio clinico che consideri dati omici e condurre alla caratterizzazione di marcatori per il monitoraggio del trattamento, l'associazione con i pathway allo scopo di individuarne quali si modificano in risposta ad un farmaco
- Reazioni avverse ai farmaci e biomarcatori di ipersensibilità.
- Genome browser
- Next Generation Sequencing
- Variant caller
- Trascrittomica
- Criteri di applicazione delle metodologie omiche allo studio di malattie, integrazione dei dati omici approcci mediante Systems Biology e Systems Medicine, concetto di endotipo e medicina personalizzata, metodi di validazione dei marcatori e valutazione gli effetti terapeutici, Study Cases
insegnamento clone
What skills do you gain?
Quantitative methods for Omics Data (qOmics)
Who is it aimed at ?
Newly graduate students Degree in Biological Science and Biotechnology; Master Degree in Biology and Industrial biotechnology.
The qOMICS Master has been positively evaluated by the chairs if the education coordination councils of the bachelor's degree courses in Biological Science and in Biotechnology and the Master’s Degree in Biology and Industrial biotechnology, as well as by the National Association of the Italian Biotechnologist. In particular the ladder said: “The figure trained in this program, will have easy access to the labor market and cover uncovered professional niches. With the expansion of metagenomics, the precision medicine and more in general of the omics methodologies in different industries (starting with pharmaceuticals ones), this type of figures are highly require on the labor market. From the point of view of the recruiter, finding candidates with the appropriate mix skills is always difficult: for this reason, the Master’s contents are crucial and can determine the success or failure of those pursuing master's degrees in the job market.”
6
STUDENTS
TRAINED
+384
TRAINING
HOURS
PROVIDED
1
EDITION
NUMBER
4
COMPANIES
INVOLVED
%
LEVEL OF SATISFACTION WITH THE COURSE ACCORDING TO AlmaLaurea
%
EMPLOYMENT RATE FOR EACH MASTER ACCORDING TO AlmaLaurea
Professional opportunities
Industrie Farmaceutiche
Centri di Ricerca, I.R.C.C.S , C.N.R. e Laboratori Universitari
Istituti biomedici di Ricerca
Biobanche private
Enti/aziende coinvolte nel tracciamento e/o nella valutazione della sicurezza e qualità del cibo